在南京这座医疗资源丰富的城市，针对非淋菌性尿道炎等特殊疾病的诊疗服务，主要分布在三级甲等医院的泌尿外科与皮肤性病科。南京鼓楼医院泌尿外科设有独立的性传播疾病诊疗单元，每周三下午开设专项门诊，采用核酸扩增检测技术（NAAT）进行病原体分型，其衣原体检测准确率达98%以上。该科室配备有德国进口的荧光显微镜检测系统，可对支原体进行药敏试验，根据2024年最新临床数据显示，其治愈率较常规疗法提升27%。
江苏省人民医院皮肤性病科采用中西医结合疗法，针对反复发作的非淋患者开发了特色灌洗方案。该方案通过膀胱镜下靶向给药，配合院内制剂\\"清淋颗粒\\"，在2023年接诊的412例患者中，3个月复发率控制在5%以下。需要特别说明的是，该科室实行预约制诊疗，初诊患者需提前3个工作日通过医院公众号提交检验报告。
南京市第二医院作为传染病专科医院，其性病诊疗中心实行\\"一人一诊室\\"制度，配备有独立的PCR实验室。对于合并HIV感染的特殊病例，该院可提供多学科会诊服务。根据国家疾控中心2024年发布的统计数据，该中心年接诊量占全市非淋病例的35%，其中耐药菌株检出率较全市平均水平低12个百分点。
需要提醒的是，患者在就诊时应选择正规医疗机构，注意查看机构的《医疗机构执业许可证》诊疗科目是否包含\\"皮肤性病科\\"或\\"泌尿外科\\"。部分私立医院虽然宣称设有专科，但实际诊疗水平参差不齐，建议优先考虑三级公立医院。就诊前可通过南京市卫健委官网查询医疗机构资质，治疗期间应严格遵医嘱完成全程治疗，避免自行停药导致病情反复。
